Lấy bối cảnh thế giới hậu tận thế vào năm 2025, nhân loại tìm thấy niềm hy vọng nơi người hùng Zebraman. Tuy nhiên, Zebra Queen (Nữ hoàng Ngựa vằn) đã đánh cắp sức mạnh của ông, khiến ông mất đi khả năng sống sót qua Zebra Time (Giờ Ngựa vằn). Nhưng ông quyết tâm phải giành lại sức mạnh của mình bằng mọi giá.